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Cours 8 Spécifier un working directory différent de celui du fichier

knitr::opts_knit$set(root.dir = 'chemin')

8.1 Table

##la fonction "kable" dans "knitr"
knitr::kable(head(cars), #les en-têtes de "cars"
              caption = 
                "Légende.")

8.2 Figure

fig.cap = "Caption." pour la légende d’une figure fig.height = 8, fig.width=4 pour la taille de la figure

library(tidyverse)
ggplot(cars, aes(speed, dist))+
  geom_point()

8.3 Equations

  • Dans le texte : \(\alpha\), \(\gamma = \alpha + \beta\)
  • En bande centrale : \[Y \sim\mathcal N(\mu,\sigma)\frac{1}{1+e}\] \[Y \sim \mathcal N(\frac{\mu_s}{\beta \times X}, \sigma^2)\]

Voir le latex maths wiki

8.5 Bibliographie

La bilbliographie est lu à partir d’un fichier .bib préciser dans l’en-tête YAML et peut être généré automatiquement avec Mendeley, Endnote, etc …
On peut aussi préciser le formation de citation avec un fichier .csl défini en ligne pour chaque journal.

La référence [@Cochrane2003] se fait avec @ + [ + code bib + ] mais on peut utiliser l’addin citr pour le faire de manière interactive. Je recommande même de définir un raccourcit clavier personnel pour facilement effectuer une citation (par exemple CTRL + SHIFT + G). Enfin on place un titre Référence à la fin du document après lequel se placera la bibliographie mise en forme.

8.6 Références croisées

Les références croisées nécessite d’utiliser le package bookdown même sans faire un livre à partir des formats documents2. Elle se font avec SLASH + @ + ref + ( + type + : + nom du chunk + ). Par exemple je fais référence à la table ?? et la figure ??.

knitr::kable(head(cars), caption = "Ceci est une table.")
ggplot(cars, aes(speed, dist)) + geom_point()

8.7 Cache

Le cache vous permet d’enregistrer les sorties d’un fragment de code pour que lors des prochaines compilation il ne soit pas recalculer. Il créé un dossier _files et _cache avec les images R des objets du chunk et les figures respectives. Attention, si votre chunk dépend d’un chunk qui est mise à jour et que vous ne précisez pas la dépendance il ne sera pas mis à jour. Utilisez l’option dependson ou nettoyez le cache pour éviter cela.