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Cours 18 Rmarkdown

Reprise du cours de Sylvain Schmitt Autres cours:
https://bookdown.org/yihui/rmarkdown-cookbook/

18.1 Packages

install.packages(c("rmarkdown", "knitr", "blogdown", "tidyverse", "citr"))

texte ## Titre

18.1.1 Sous-titre

Liste :

  • chat
  • chien
  • oiseau

Liste numérotée :

  1. Liste numérotée
  2. on peut laisser 1. et il met les bons numéros

italique ou italique

gras ou gras

gras&italique

citation

Pour passer à la ligne suivante/faire un nouveau paragraphe : finir par 2 espaces la ligne

18.2 Chunk

Raccourci clavier pour générer un chunk : CTRL + ALT + I

Chunk options :

echo = F : ne pas voir le code
eval = F : ne pas faire tourner le code
include = F : ne pas afficher les sorties console
results = ‘hide’ : ne pas afficher les sorties console message=FALSE : ne pas afficher les messages fig.width = 6 : taille des figures

pour tout le doc :

Voir documentation

le reste à voir dans le petit engrenage du chunk

Pour faire tourner un chunk avant tous les autres sans meme le runner : ```{r Setup}

Afficher une valeur dans le texte : 1+2 = ‘r 1+2’

18.3 ## Quarto options

title: “title” author: “Vincyane Badouard” date: “2025-04-17” format: html self-contained: true # (pour partager le fichier indépendamment) theme: cosmo editor: source code-fold: true # (bouton on/off pour voir ou non les codes) execute: cache: true —

18.4 Spécifier un working directory différent de celui du fichier

knitr::opts_knit$set(root.dir = 'chemin')

18.5 Table

##la fonction "kable" dans "knitr"
knitr::kable(head(cars), #les en-têtes de "cars"
              caption = 
                "Légende.")

18.6 Figure

fig.cap = "Caption." pour la légende d’une figure fig.height = 8, fig.width=4 pour la taille de la figure

library(tidyverse)
ggplot(cars, aes(speed, dist))+
  geom_point()

18.7 Equations

  • Dans le texte : \(\alpha\), \(\gamma = \alpha + \beta\)
  • En bande centrale : \[Y \sim\mathcal N(\mu,\sigma)\frac{1}{1+e}\] \[Y \sim \mathcal N(\frac{\mu_s}{\beta \times X}, \sigma^2)\]

Voir le latex maths wiki

18.9 Bibliographie

La bilbliographie est lu à partir d’un fichier .bib préciser dans l’en-tête YAML et peut être généré automatiquement avec Mendeley, Endnote, etc …
On peut aussi préciser le formation de citation avec un fichier .csl défini en ligne pour chaque journal.

La référence [@Cochrane2003] se fait avec @ + [ + code bib + ] mais on peut utiliser l’addin citr pour le faire de manière interactive. Je recommande même de définir un raccourcit clavier personnel pour facilement effectuer une citation (par exemple CTRL + SHIFT + G). Enfin on place un titre Référence à la fin du document après lequel se placera la bibliographie mise en forme.

18.10 Références croisées

Les références croisées nécessite d’utiliser le package bookdown même sans faire un livre à partir des formats documents2. Elle se font avec SLASH + @ + ref + ( + type + : + nom du chunk + ). Par exemple je fais référence à la table ?? et la figure ??.

knitr::kable(head(cars), caption = "Ceci est une table.")
ggplot(cars, aes(speed, dist)) + geom_point()

18.11 Cache

Le cache vous permet d’enregistrer les sorties d’un fragment de code pour que lors des prochaines compilation il ne soit pas recalculer. Il créé un dossier _files et _cache avec les images R des objets du chunk et les figures respectives. Attention, si votre chunk dépend d’un chunk qui est mis à jour et que vous ne précisez pas la dépendance il ne sera pas mis à jour. Utilisez l’option dependson ou nettoyez le cache pour éviter cela.